外部のJavascriptファイルへのリンクの記述は、CSSの外部ファイルへのリンクの書き方とは異なります。
scriptタグで記述します。
当サイトはほとんどJavascriptは使用していませんが、ヘッダー部分のFlashのファイルのタグがJavascriptを使用したものになっています。
ブラウザに対応させるためにJavascriptを使用したものにしなければならなかったので、本当ならJavascriptは使用しないつもりでした。
実際のソースの書き方
<script src="./Scripts/AC_RunActiveContent.js" type="text/javascript"></script>
サイトの規模が小さく、それほど大げさなJavascriptのコードでなければページ内に記述しても良いと思います。
ただ、外部ファイルにした方が管理が容易になるので、私は外部ファイルにしています。
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